Le lynx opère un retour dans des paysages où la présence humaine est forte, dans des systèmes d’aménagement du territoire qui ne prennent pas en compte les besoins d’une telle espèce, et dans systèmes d’élevage et de pratiques cynégétiques qui s’étaient habituées à opérer en absence de grands prédateurs.
Les groupes d’experts et les différentes études s’accordent sur les principales menaces et les freins au bon développement de l’espèce: la faible acceptation de l’espèce qui découle des conflits avec le monde de la chasse et les éleveurs, les persécutions (tirs illégaux, empoisonnements, etc.) qui sont probablement directement liées à ce manque d’acceptation, la mortalité accidentelle (par ex. collisions avec les véhicules de transport); ainsi que la perte d’habitat et le manque de connectivité entre les populations, notamment liée au développement des infrastructures.
En France, les facteurs anthropiques constituent la majorité des cas de mortalité détectés chez les lynx (adultes et subadultes). Les collisions représentent 58 % de la mortalité et les destructions illégales 6 %. De plus, à ces menaces viennent s’ajouter des facteurs intrinsèques à l’espèce tels qu’une mortalité juvénile élevée, des capacités de dispersion limitées et des problèmes potentiels de consanguinité due à l’isolement des populations et au petit nombre d’individus fondateurs.
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